A Orquestra Jovem Acadêmica foi, desde a formação do plano artístico e pedagógico inicial, uma peça considerada fundamental para o funcionamento da Alma. Assim sendo, a jovem orquestra foi concebida como um espaço de trocas sociais e artísticas, para onde poderiam confluir todo o ensino das aulas individuais de instrumento, proporcionando aos alunos a possibilidade de interagir com suas artes individuais em um espaço coletivo de produção artística.
Os ensaios da orquestra são pensados como aulas de música, onde não só o regente, mas os professores participam de forma programada. No intuito de elevar o nível técnico dos alunos às suas máximas potencialidades, é comum que os professores toquem juntamente com os alunos, transformando a experiência artística em algo ainda mais produtivo.
A orquestra possui uma estrutura, na qual o corpo de professores e regentes formam uma espécie de comissão artístico-pedagógica, sempre em diálogo com um diretor artístico independente. Assim sendo, todas as decisões passam pelo crivo de uma análise realizada individualmente com cada aluno da Alma.
Todo o repertório é primeiramente praticado nas aulas individuais, passando depois aos ensaios de naipe, e culminando com os ensaios de orquestra; estas aulas-ensaio são a melhor oportunidade de interação artístico-social, na qual a oportunidade de se transmitirem valores que localizam o papel do artista na sociedade podem vir à tona, sendo a orquestra, neste caso, uma metáfora muito abrangente da vida real.
A orquestra é coordenada pelo professor Lincoln Reuel Mendes.